Teisinę MTEP bazę sudaro 1991 m. priimtas ir 2002 m. pakoreguotas Mokslo ir studijų įstatymas bei Aukštojo mokslo įstatymas (2000 m.).
Mokslo ir studijų įstatymas nustato mokslinių tyrimų įstaigų steigimo ir veiklos teisinius pagrindus.
Valstybės mokslinių tyrimų įstaigas – valstybės mokslo institutus, universitetų mokslo institutus ir valstybės mokslo įstaigas steigia Vyriausybė.
Valstybės mokslo institutas yra steigiamas, kad atliktų Lietuvos ūkiui ir kultūrai bei tarptautiniam bendradarbiavimui svarbius ilgalaikius tarptautinio lygio mokslinius tyrimus, kuriems reikia specializuotų mokslininkų grupių, duomenų sankaupų bei specializuotos mokslinės įrangos. Kartu su aukštosiomis mokyklomis valstybės mokslo institutas rengia mokslininkus, padeda rengti specialistus. Valstybės mokslo instituto mokslinių tyrimų kryptis tvirtina Vyriausybė Švietimo ir mokslo ministerijos teikimu, parengtu išnagrinėjus Lietuvos mokslo tarybos bei suinteresuotų valstybės institucijų pasiūlymus.
Universiteto mokslo institutas yra mokslinių tyrimų įstaiga, pagal sutartis su universitetu suteikianti mokslinę bazę universiteto studentų studijoms ir mokslininkams rengti doktorantūroje, taip pat dėstytojų mokslinei kvalifi kacijai kelti. Universiteto mokslo institutai steigiami tarptautinio lygio atskirų mokslo krypčių ar šakų moksliniams tyrimams atlikti.
Valstybės mokslo įstaigos steigiamos, kad atliktų ūkio ir kultūros plėtrai svarbius taikomuosius tyrimus ir eksperimentinės plėtros darbus ir (ar) plėtotų eksperimentinę gamybą, rengtų moksliniais tyrimais pagrįstas rekomendacijas įmonėms, valstybės ir kitoms institucijoms. Valstybės mokslo įstaigą Švietimo ir mokslo ministerijos teikimu steigia Vyriausybė, atsižvelgdama į suinteresuotų valstybės institucijų siūlymus. Valstybė gali pavesti valstybės mokslo įstaigos steigėjo funkcijas, nesusijusias su jos steigimu, pabaiga ir pertvarkymu, atlikti su įstaigos veikla susijusiai valstybės institucijai ar įstaigai.
Privačios mokslinių tyrimų įstaigos steigiamos jų steigėjų moksliniams uždaviniams spręsti.
Aukštųjų mokyklų steigimo ir veiklos teisinius pagrindus nustato Aukštojo mokslo įstatymas. Valstybinius universitetus Vyriausybės teikimu steigia Seimas. Valstybines kolegijas Švietimo ir mokslo ministerijos teikimu steigia Vyriausybė. Nevalstybinės aukštosios mokyklos steigiamos gavus Vyriausybės leidimą.
Mokslo ir studijų įstatymas nustato, kad Valstybės mokslo institutai ir universitetų mokslo institutai turi savivaldą, kuri leidžia pasirinkti mokslinių tyrimų kryptis ir teikti jas Švietimo ir mokslo ministerijai, nustatyti savo struktūrą, vidaus darbo tvarką, darbuotojų skaičių, jų teises ir pareigas, taip pat, jeigu Vyriausybė nenustato kitaip, darbuotojų darbo apmokėjimo sąlygas, statuto nustatyta tvarka sudaryti savivaldos organus.
Valstybės biudžeto lėšomis atliekamų mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros darbų stebėseną vykdo Švietimo ir mokslo ministerija. Ministerija organizuoja ekspertinį mokslinės veiklos vertinimą bei mokslinių tyrimų įstaigų atestaciją. Ministerijos ekspertinė institucija mokslinės veiklos vertinimui yra Studijų kokybės vertinimo centras.
Lietuvos valstybinę mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros politiką formuoja ir įgyvendina Švietimo ir mokslo ministerija. Inovacijų ir technologijų plėtros politiką bei strategiją formuoja Ūkio ministerija. Savo sričių užsakomuosius tyrimus organizuoja ir koordinuoja atitinkamos ministerijos.
Siekdama orientuoti mokslo ir technologijų politiką šalies ūkio poreikiams tenkinti Lietuvos Respublikos Vyriausybė 2002 metais sudarė Ministro Pirmininko pirmininkaujamą Mokslo ir technologijų komisiją. Komisijos pirmininko pavaduotojais yra švietimo ir mokslo bei ūkio ministrai. Komisija yra Lietuvos Respublikos Vyriausybės patariamoji institucija. Ji svarsto ir teikia Vyriausybei pasiūlymus dėl taikomojo mokslo, technologijų ir inovacijų plėtros, skirtos šalies ūkio poreikiams tenkinti skatinant mokslo, gamybos ir verslo sąveiką, politikos bei strategijos formavimo ir įgyvendinimo.
2003 m. pabaigoje Lietuvos Respublikos Vyriausybė patvirtino Ilgalaikę mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros strategiją bei ją įgyvendinančią Lietuvos mokslo ir technologijų baltosios knygos nuostatų įgyvendinimo programą. Atsižvelgiant į šalies poreikį skatinti aukštųjų technologijų gamybą, tuo pat metu Vyriausybė patvirtino Aukštųjų technologijų plėtros programą.
Seimo ir Vyriausybės patarėja mokslo, studijų ir eksperimentinės plėtros politikos klausimais yra Lietuvos mokslo taryba. Vyriausybės teikimu Seimo įsteigtą Lietuvos mokslo tarybą sudaro mokslininkų, ūkio bei verslo interesams atstovaujančių organizacijų ir valstybės institucijų atstovai.
Mokslo ir studijų įstatymu įteisintomis ekspertinėmis institucijomis yra Lietuvos mokslų akademija, Lietuvos universitetų rektorių konferencija bei Lietuvos mokslo institutų direktorių konferencija.