Nutrūkęs finansavimas iš SSSR valdžios ir verslo struktūrų pirmaisiais atgautos nepriklausomybės metais sukėlė labai žymius MTEP sistemos kitimus. Praktiškai žlugo stambūs SSSR karinio komplekso mokslinių tyrimų institutai. Išnyko didelė dalis tyrimo laboratorijų pramonės įmonėse bei įvairių projektavimo-konstravimo įstaigų. Labai smarkiai sumažėjo ar net išnyko eksperimentinės plėtros padaliniai aukštosiose mokyklose bei mokslo institutuose.
Lietuvos ūkio reorganizacijos pradžioje pagrindiniu MTEP fi nansavimo šaltiniu liko valstybės biudžetas. MTEP darbų užsakovų ir kitos nebiudžetinės lėšos 1993 m. sudarė vos 20 % visų išlaidų (1 pav.). Kadangi dalis MTEP užsakovų disponavo valstybės biudžeto lėšomis, statistikoje išskirtose „užsakovų lėšose“ buvo ir valstybės biudžeto lėšų. Taigi valstybės biudžeto lėšų dalis, ypač ankstesniais metais, realybėje buvo dar didesnė.
1 paveikslas. Valstybės biudžeto dalis suminėse MTEP išlaidose procentais.
Visa tai neišvengiamai atsiliepė MTEP personalo dydžiui (2 pav.). Per trejus metus (1990- 1993) visas MTEP personalas sumažėjo daugiau kaip du kartus. Analogiškai sumažėjo ir tyrėjų skaičius. Praktiškai nepakito tik mokslininkų (tyrėjų turinčių mokslinį laipsnį) skaičius. Taigi įvyko žymus personalo struktūros pokytis – žymiai sumažėjo neturinčių mokslo laipsnių tyrėjų dalis. Po 1993 metų tiek viso MTEP personalo, tiek ir tyrėjų, tarp jų ir mokslininkų, skaičiai kito nežymiai, tačiau mažėjimo tendencija išliko.
2 paveikslas. Visas MTEP personalas ir mokslininkai, dirbantys pagrindinėje darbovietėje.
1991 metais priimtas Mokslo ir studijų įstatymas pakeitė Lietuvos mokslų akademijos statusą. Ji neteko būdingų mokslo ministerijoms įgaliojimų bei jai priklausiusių mokslinių tyrimų institutų. Kartu Lietuvoje pradėtas unikalus eksperimentas – 29 mokslinių tyrimų institutams laikinai suteikiant valstybinio mokslo instituto statusą. Šis statusas prilygino institutų autonomiją universitetinių aukštųjų mokyklų autonomijai.
Eksperimentas parodė, kad stipriems moksliniams kolektyvams didelis autonomijos laipsnis leido žymiai pakelti mokslinių tyrimų lygį ir integruotis į pasaulio mokslinę visuomenę. Ypač didelę pažangą keliant mokslinių tyrimų lygį padarė dalis buvusių žinybinių mokslinių tyrimų institutų. Šiuo požiūriu verti paminėjimo Lietuvos sodininkystės ir daržininkystės bei Lietuvos žemdirbystės institutai. Tačiau silpnoms institucijoms autonomija tapo priemone apsisaugoti nuo išorės poveikių ir išlaikyti esamą padėtį.
Po 1990 m. visi MTEP subjektai susidūrė su būtinybe keisti tiek mokslinių tyrimų, tiek ir eksperimentinės plėtros darbų orientaciją – nutraukti nereikšmingus, neaktualius mokslinius tyrimus bei eksperimentinės plėtros darbus, orientuoti juos į Lietuvos poreikių tenkinimą. Atsiveriant pasauliui pradėjo keistis MTEP veiklos vertinimo kriterijai – didėjo tarptautiniu mastu aprobuotų veiklos rodiklių svarba. Visiškai nauju reiškiniu eksperimentinės plėtros srityje tapo konkurencija atviroje laisvosios rinkos erdvėje. Kaip ir kitose postkomunistinėse šalyse situaciją komplikavo tai, kad pramonės įmonės dažnai rinkdavosi ne savos šalies tyrėjų, bet žinomų pasaulyje kompanijų sukurtas technologijas.